Mikropenis on harvinainen tila, jossa penis jää pienikasvuiseksi. Jäykän peniksen pituus on 7 cm tai lyhyempi. Vastasyntyneellä mikropeniksen pituus on alle 1,9cm penistä venytettäessä. Mikropeniksestä arvioidaan kärsivän noin 0,6 % miespuolisesta väestöstä.
Syynä mikropenikseen voi olla testosteronin poikkeuksellisen alhainen eritys raskauden aikana tai se, että kehittyvä elimistö ei reagoi normaalisti testosteroniin. Myös geenitesteissä voi löytyä tyypillinen poikkeama. Mikropenistä voidaan yrittää hoitaa pikkulapsena testosteronihoidolla.
Aiemmin mikropeniksen ollessa kyseessä tehtiin myös ratkaisuja, joissa poika päätettiin leikata tytöksi ja hoitoa täydennettiin myöhemmin hormonihoidolla. Nykyisin tästä hoitovaihtoehdosta on enenevässä määrin luovuttu. Uusia myönteisiä tuloksia on suurennusleikkaushoidoista, joissa penistä on suurennettu proteesin ja kudossiirrännäisten avulla. Toisten lasten pilkka aiheuttaa usein vaikeita ongelmia mikropeniksestä kärsivälle lapselle.